Caracterización genética del genoma completo de una cepa del virus Chikungunya circulante en Brasil

Genetic characterization of the complete genome of a strain of Chikungunya virus circulating in Brazil

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Rafael Guillermo Villarreal Julio
Jonny Andrés Yepes-Blandón

Resumen

El virus Chikungunya (CHIKV) es un virus de ARN monocatenario de sentido positivo que pertenece al género Alphavirus de la familia Togaviridae. Se transmite principalmente por mosquitos Aedes aegypti y albopictus. Su genoma codifica cuatro proteínas no estructurales (NSP 1-4) y tres proteínas estructurales (C, E1 y E2). Se han identificado cuatro linajes de este virus que son los linajes de África occidental, África oriental, central y sudafricana (ECSA), asiático (AL) y del océano Índico (IOL).1. CHIKV es un arbovirus endémico circulante en 51 países de las Américas. Las manifestaciones clínicas que se le atribuyen son; fiebre alta, erupción cutánea, mialgia y episodios de artralgia, que en consecuencia provocan dolor crónico y discapacidad, especialmente en articulaciones. La secuenciación del genoma completo del virus del Chikungunya es esencial para comprender su biología, evolución y propagación, y para desarrollar estrategias efectivas de prevención, diagnóstico y tratamiento. Esta información es fundamental para combatir la enfermedad y minimizar su impacto en la salud pública. Por esas razones se secuenció el genoma completo del virus Chikungunya br33, identificada en la ciudad nororiental de Recife, en el estado de Pernambuco, Brasil. El genoma tiene un tamaño de 11601 nucleótidos y fragmentos que codifican para dos poliproteínas.Se realizó un análisis filogénico que indica que la reciente cepa brasileña del CHIKV pertenece al linaje del este, centro y sur de África (ECSA). Dicha identificación filogenética es importante porque este genotipo en particular ha sido asociado a mayor daño y severidad clínica.Hasta 2016, el virus CHIKV estaba asociadas directamente a viajes y la transmisión era limitada. Posteriormente se produjo el brote más grande en el estado asociado con la introducción de un nuevo linaje ECSA como el indetificado en este estudio. Es muy probable que se produzcan nuevos brotes de CHIKV en un futuro cercano debido a la abundancia de vectores competentes en brazil y a una población susceptible, exponiendo a más de 11 millones de habitantes a un riesgo de infección cada vez mayor.

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Biografía del autor/a (VER)

Rafael Guillermo Villarreal Julio, Universidad de Antioquia

CES University, Graduate School, Doctorate in Health Sciences, Medellín, Colombia -BIOTECH MOLECULAR, Molecular, Genetic and Computational Biology Unit; Medellín, Colombia. - University of Antioquia, School of Medicine, Program for the Study and Control of Tropical Diseases (PECET); Medellín, Colombia - International Internships in the Gehrke Laboratory at the Massachusetts Institute of Technology (MIT), Cambridge, MA, USA and Harvard Medical School (HMS), Boston, Massachusetts. USA. Email: [email protected]

Jonny Andrés Yepes-Blandón, Universidad de Antioquia

Animal Scientist, Project Management Specialist, Master's in Biology and Ph.D. in Biology. Grupo de Investigación en Organismos Acuáticos Nativos y Exóticos - GIOANE, Facultad de Ciencias Agrarias, Escuela de Producción Agropecuaria, Universidad de Antioquia. Email: [email protected]

Referencias (VER)

Alguridi HI, Alzahrani F, Altayb HN, Almalki S, Zaki E, Algarni S, Assiri A, Memish ZA. The First Genomic Characterization of the Chikungunya Virus in Saudi Arabia. Journal of Epidemiology and Global Health, 2023;13(2):191–199. https://doi.org/10.1007/s44197-023-00098-0

Ang SK, Lam S, Chu JJH. Propagation of Chikungunya Virus Using Mosquito Cells. Methods in Molecular Biology (Clifton, N.J.), 2016;1426:87–92. https://doi.org/10.1007/978-1-4939-3618-2_8

Carrillo MA, Cardenas R, Yañez J, Petzold M, Kroeger A. Risk of dengue, Zika, and Chikungunya transmission in the metropolitan area of Cucuta, Colombia: Cross-sectional analysis, baseline for a cluster-randomised controlled trial of a novel vector tool for water containers. BMC Public Health, 2023;23(1):1000. https://doi.org/10.1186/s12889-023-15893-4

Conteville LC, Zanella L, Marín MA, Filippis AMB, de Nogueira RMR, Vicente ACP, Mendonça MCL de. Phylogenetic analyses of Chikungunya virus among travelers in Rio de Janeiro, Brazil, 2014-2015. Memorias Do Instituto Oswaldo Cruz, 2016;111(5):347–348. https://doi.org/10.1590/0074-02760160004

Haas B, Papanicolaou A, Yassour M, Grabherr M, Blood P, Bowden J, Couger M, Eccles D, Li B, Lieber M, Macmanes M, Ott M, Orvis J, Pochet N, Strozzi F, Weeks N, Westerman R, William T, Dewey C, Regev A. De novo transcript sequence reconstruction from RNA-Seq using the Trinity platform for reference generation and analysis. Nature Protocols, 2013;8:1494–1512. https://doi.org/10.1038/nprot.2013.084

Hakim MS, Aman AT. Understanding the Biology and Immune Pathogenesis of Chikungunya Virus Infection for Diagnostic and Vaccine Development. Viruses, 2022;15(1):48. https://doi.org/10.3390/v15010048

Hartline DK, Cieslak MC, Castelfranco AM, Lieberman B, Roncalli V, Lenz PH. De novo transcriptomes of six calanoid copepods (Crustacea): A resource for the discovery of novel genes. Scientific Data, 2023;10(1):Article 1. https://doi.org/10.1038/s41597-023-02130-1

Kumar A, Mamidi P, Das I, Nayak TK, Kumar S, Chhatai J, Chattopadhyay S, Suryawanshi AR, Chattopadhyay S. A novel 2006 Indian outbreak strain of Chikungunya virus exhibits different pattern of infection as compared to prototype strain. PloS One, 2014;9(1):e85714. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0085714

Lima-Camara TN. Emerging arboviruses and public health challenges in Brazil. Revista De Saude Publica, 2016;50(3):S0034-89102016000100600. https://doi.org/10.1590/S1518-8787.2016050006791

Miller JR, Koren S, Dilley KA, Puri V, Brown DM, Harkins DM, Thibaud-Nissen F, Rosen B, Chen XG, Tu Z, Sharakhov IV, Sharakhova MV, Sebra R, Stockwell TB, Bergman NH, Sutton GG, Phillippy AM, Piermarini PM, Shabman RS. Analysis of the Aedes albopictus C6/36 genome provides insight into cell line utility for viral propagation. GigaScience, 2018;7(3): gix135. https://doi.org/10.1093/gigascience/gix135

Nunes MRT, Faria NR, de Vasconcelos JM, Golding N, Kraemer MU, de Oliveira LF, Azevedo R. do S. da S, da Silva DEA, da Silva EVP, da Silva SP, Carvalho VL, Coelho GE, Cruz ACR, Rodrigues SG, da Silva Gonçalves-Vianez JL, Nunes BTD, Cardoso JF, Tesh RB, Hay SI, da Costa-Vasconcelos PF. Emergence and potential for spread of Chikungunya virus in Brazil. BMC Medicine, 2015;13(1):102. https://doi.org/10.1186/s12916-015-0348-x

Spicher T, Delitz M, Schneider AdeB, Wolfinger MT. Dynamic Molecular Epidemiology Reveals Lineage-Associated Single-Nucleotide Variants That Alter RNA Structure in Chikungunya Virus. Genes, 2021;12(2):239.

https://doi.org/10.3390/genes12020239

Volk SM, Chen R, Tsetsarkin KA, Adams AP, Garcia TI, Sall AA, Nasar F, Schuh AJ, Holmes EC, Higgs S, Maharaj PD, Brault AC, Weaver SC. Genome-scale phylogenetic analyses of Chikungunya virus reveal independent emergences of recent epidemics and various evolutionary rates. Journal of Virology, 2010;84(13):6497–6504. https://doi.org/10.1128/JVI.01603-09

Xf T, Yh H, Yf S, Pf Z, Lz H, Hs LHP. The transcriptome of Icerya aegyptiaca (Hemiptera: Monophlebidae) and comparison with neococcoids reveal genetic clues of evolution in the scale insects. BMC Genomics,

;24(1):https://doi.org/10.1186/s12864-023-09327-z

Zerfu B, Kassa T, Legesse M. Epidemiology, biology, pathogenesis, clinical manifestations, and diagnosis of dengue virus infection, and its trend in Ethiopia: A comprehensive literature review. Tropical Medicine and Health, 2023;51(1):11. https://doi.org/10.1186/s41182-023-00504-0

Huh JE, Han S, Yoon T. Data mining of coronavirus: SARS-CoV-2, SARS-CoV and MERS-CoV. BMC Research Notes, 2021;14(1):doi:10.1186/s13104-021-05561-4